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再次，是高校提高教育教学质量，提高学科建设水平的体制保证。
“从知识的角度说，‘创造’起飞需要有两翼：一是学科专业的深度，二是学科交叉的广度，两者缺一不可。科学的科研或教育体制，只纳其一，不容其二，以单翼起飞，就很难飞得高飞得远。” 构建校院两级管理体制，有利于破除原有各学科之间的森严壁垒，学院内及学院之间，各学科、各专业间的交流，促进相近、相邻学科的交叉、融合;有利于学生在不同学科、专业间选修有关课程，拓宽学生知识面，培养社会需要的宽口径、厚基础、高素质人才。学院是按照学科专业组建起来的大学基层学术实体，是学校教学、科研、学术服务、人才培养的实施单位。因此，设置学院的首要标准是有利于提高人才培养质量，促进学生和谐发展。学院是学生成长的院落和发展的舞台。
最后，实行校院两级管理，还可以为高校实现科技创新和培养创新型人才提供动力机制。强调学院一级责权利的结合，使其实体化，可以为学院提供强大和持久的激励和约束机制，使学院能更加有积极性调动本部门教师的潜能，动员院内外一切资源和条件，着力提高科研能力和培育学科特色，有利于形成、巩固和突出学院的学科优势色，强化教学和科研两个中心的功能，保证教学、科研水平的提高，增强综合实力。
三、中国大学校院两级管理模式：存在问题与改革选择
中国高校之间尽管层次和水平有很大差距，办学定位、人才培养规格也不相同，各具特色，在学校内部管理体制上还是存在着一些共性的问题，特别是地方性院校，高校内部管理体制往往存在着管理重心过高，权力过分集中在学校层面，教学院系活力不足等问题。
第一，校院权责不对等。学校权力过于集中的现状在事权方面，几乎所有重大事项决策权均集中在学校，学院基本不具有重大事项决策权。校院两级管理中很多学校暴露出管理重心过高，权力仍集中于校级决策层及职能部门，学院主体性地位被弱化，处于“事权下移，财权、人权和重大事权仍然集中在校级”的状态。
第二，学院层面管理体制有待进一步明确完善。两级管理体制中，学院层面的管理决策有行政首长负责制、党政联席共同负责制、学术委员会负责制、二级教代会讨论决定制等多种形式，且存在交叉使用现象。不同高校在学院层面管理体制各不相同。“权力缺乏相互制衡和民主监督，是我国高校内部管理体制改革中经常一统就死、一放就乱的根本原因之一 。” 这样的状况使得学院层面的管理机制面貌模糊不清，学校层面也没有形成科学完善的政策制度进行保障，在一定程度上导致学院层面决策分散、管理不够清晰、效能不高。
第三，考核激励机制有待进一步加强。尽管实行校院两级管理体制大多实行目标责任考核制，但对职能部门和学院缺乏科学合理的目标考核体系，考核结果难以实际应用或者以偏概全，导致考核的激励功能弱化、异化。
以上问题中反映出了在目前我国的大学管理中，合理分权和管理重心下移作为一种管理理念在认识上是不清的，导致大学校方思想上是不愿意放权的。中国高等教育的宏观管理体制也呈现集权型，政府机构和教育行政管理部门集中了高校大部分的人财物的分配权，政府机构指挥和干预大学的情形非常严重，而且有愈演愈烈的趋势。同时，高校的领导由上一级党委政府任命，对校长的政绩评价、职位升迁等关乎个人前途的事，主要取决于任期内的“GDP式”政绩，也就是说，大学领导作为社会官僚体系中的一员，政治利益最大化目标促使其必然要迎合上级官员的偏好，搞政绩工程。因此，高校领导追求GDP式的管理行为也就不足为怪了。例如，政府把本来向高校投入的一部分资源控制起来，以此为诱饵，通过项目经费和项目建设的形式要求高校来申请，加上设立一系列名目繁多的评比、排队等，以达到的控制整个高等教育的目的。例如，几乎所有高校都要把科研立项的层次和数量(获取经费的多少)，科研论文发表的层次和数量，科研成果奖励的层次和数量等作为自己追求的目标，高水平大学还要争取入围国家的重大战略项目，如“211”工程，“985”工程，“2011工程”等，政府地方性大学要应付大学排序和评估，以争取自己的发展空间，政府就是通过这些手段严格的控制着大学的办学行为，左右大学领导者的思路。为了追求到政府抛出的“馅饼”，客观上需要校方对全校资源进行统筹配置，集权管理，以提高执行力，迫不得已时以资源换取资源，“跑部钱进”。在这种政治体制和整个高等教育管理体制的大背景下，大学领导人自然不愿花更多的精力和时间进行内部体制改革，以及通过建设持久有效的激励和约束机制，形成大学发展的强大支持动力，真正培育学校的竞争力。
办大学是要遵循大学的理念的。大学的理念是人类自进入近代历史以来不断探索、总结和升华的智慧的结晶。从英国的纽曼(John Henry Newman，1801--1890)到德国的洪堡(Wilhelm Von Humboldt，1767～1835)，从弗莱克斯纳(Abraham Flexner，1866--1959)的“现代大学理念”到范海斯(Charles Richard Van Hise，1857―1918)的威斯康星思想(Wiscon、sin Idea，1912)再到哈佛校长博克(Derek Bok，1930――)，大学的理念不断得到发展完善，大学理念从最初仅着眼于注重礼乐和培养绅士的“博雅”教育;发展到注重“教学与科研并重”、即人才培养与科学研究相统一的理念;随着大学从经济社会的边缘逐步走向经济社会的中心，又出现了“服务社会”及“引领社会”的大学理念;在经济全球化的发展趋势下，“国际交往”的理念又被提出。大学从功能上经过了教学功能、教学――科研功能、教学――科研――服务社会功能、教学――科研――服务社会――引领社会功能、教学――科研――服务社会――引领社会――交往功能几个阶段。
随着大学功能的综合化，大学内部必须建立一整套科学合理的组织机构和管理制度，这套机构和制度的设计与建立，首先要体现以人为本的理念，制度要确保高质量人才脱颖而出，创造一切条件，依靠学术造诣深的学者、专家及广大教师培养具有高度社会责任感、高尚的思想品德和职业道德、具有创新精神和实践能力、能够活跃于信息时代、适应市场经济竞争环境和善于终身学习的高素质人才;重视培养学生批判性思维的能力，培养学生的创业技能，使学生基础宽、素质高、有特长、适应广，使学生不仅仅是求职者，而首先成为工作岗位的创造者。其次是要守望追求真理，学术自由的大学精神。学术研究离不开创设宽松、浓厚的学术氛围，突出学术自由与独立，追求真理，发展科学，加强学科建设，出高水平的学术成果;坚持基础研究和应用、开发研究并重;以探索和发现未知世界为目标的基础研究是现代科技发展的基础，加强产学研合作，推动科技成果产业化。大学应与社会保持一定的距离，不应随俗而流。大学基于一定的价值体系，对社会风尚保持合适的批判性的抵制，有助于社会的清明与理性。大学应该成为科学家、思想家的家园和绿荫，使他们免于俗务的纷扰，在最适宜的环境中，专心致志地研究各种物理的、社会的、美学的、哲学的、宗教的现象，去研究各种与之关联的事务。
