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一、现状
伴随着高校招生规模的扩大和政府对高校投资的持续增加以及高校资金来源渠道多元化，高校及其二级学院事业急剧发展，学生的增加、资金等经济资源的增长给高校财务管理带来了一定难度和挑战，与此同时，高等学校财务制度、高等学校会计制度、行政事业单位内部控制规范等顶层设计的文件制度亦执行一段时间，现行的“统一领导，分级管理或者集中管理”财务管理体制并不能完全满足高校教育事业发展的需求，因此完善财务管理体制、强化预算管理、加强内部控制、规范资产管理等是高校校院两级财务管理的必然趋势，改革完善现行的校院两级财务管理机制势在必行。
二、存在问题
(一)财务管理权责不清问题
高校校院两级财务管理在现行的“统一领导，分级管理或者集中管理”模式下，高校经费的分配管理权限在一级财务机构，高校经费的执行主体主要为二级学院。高校二级学院负责具体的学科建设、人才引进、学生培养、科学研究、服务社会等工作，而学院并没有权力进行经费的调配权，只有“按照财务机构或者职能部门下拨的各类经费额度”的使用权，这些资金最后又由一级财务机构集中核算。因此经费分配、执行、核算的权限脱节，导致经费使用效益不高和学校、学院的管理权责不清等问题。
(二)预算编制流于形式问题
高校校院两级预算的编制普遍采用财务机构和相关职能部门按照一定的标准和办法进行代编。这种情况产生的原因主要是学院不能完全了解学校整体的预算收支规模和没有足够的专业人士来编制学院预算。
(三)内部控制不健全
在现行的“统一领导，分级管理”的校、院两级财务管理体制下，学校统筹安排各类经济资源，二级学院具有一定的财务自主使用权。在这种情况下，二级学院在经济资源的分配、使用还是制度的执行方面没有大局观，往往都比较局限，并没有实施内部控制的积极性。即使部分二级学院实施内控也仅仅限于一些财务规定手册的汇编，并没有从业务的合法性、合规性上和流程上进行严格把控，二级学院主观上认为内部控制是学校层面的事情，没有积极主动的全面参与学校的内部控制工作。
(四)缺乏绩效考核
随着高校二级财务管理制度的不断推进，二级学院的财务管理权限不断增加，在有效提升管理水平的同时也带来一定问题。由于二级学院的资金、资产等经济资源的规模越来越大，绩效考核成为一个亟需解决的问题。现行体制下对二级学院财务的管理还是局限于经济业务的真实性、经费的执行进度等问题，并没有对经费的使用效益、资产的使用效率等进行绩效考核。有些高校即使考核，也并没有明确的奖惩措施。
三、如何完善高校校院两级财务管理
(一)明确高校资金分配权和使用权的责权利
高校事业发展最终还是要靠“实事”，高校需进一步明确财权与事权的统一性。二级学院作为学校事业规划执行的主体，理应有更大自由度的财权，学校可以从监管、考核等方面来加强管理。现行的财务管理体制下，财权的分配往往都是相关职能部门和财务部门，并不能完全了解二级学院事业发展的资金需求，因此建议在资金分配时进一步下放权利，由二级学院自行分配和承担相应责任，财务部门和职能部门只负责事业规划和监管考核，将经济责任落实到具体部门和个人身上。
(二)将二级学院预算编制落到实处
现阶段，高校二级学院编制预算由于没有资金的分配权，可编制的预算经费仅限于教学运行的学生费用和创收收入、捐赠收入等收入，预算内容简单且没有实际意义。建议高校将二级学院作为一个独立的经济主体进行管理，二级学院应参照学校校内预算的形式和内容详细编制预算。二级学院一旦有了更大的资金分配权和财务自主权，更应该编制更为详细的预算。二级学院应将维持学院正常运行的的教职工人员经费和办公、水电暖等公用经费以及学院事业发展的专项支出等预算内容精细化科学化，包括学院新增资产的购置均应编制预算。每年度终了由财务部门考核预算的执行绩效，由相关职能部门考核事业发展资金的使用效益。在考核后，学校可对二级学院进行奖惩，以促进学院预算编制的准确性、完整性和真实性。
(三)建立健全二级学院内部控制
在高校执行教育部关于印发《教育部直属高校经济活动内部控制指南(试行)》的通知(教财厅〔2016〕2号)、财政部关于《行政事业单位内部控制规范(试行)》(财会〔2012〕21号)、财政部《关于全面推进行政事业单位内部控制建设的指导意见》(财会〔2012〕24号)文件的基础上，建立健全二级学院的内部控制。一个层面是二级学院在学校内部控制的环境和规定下，完善财务管理制度，各二级学院应制定符合各学院实际情况的、具体的财务管理、预算管理、科研管理等财务制度，并切实执行。同时二级学院要规范完善学院预算编制流程，硬化预算约力，做好预算执行，切实提高学院资金使用效益。一个层面是学校要将二级学院的独立经济主体的特性体现出来，从内控建设的源头就做好二级学院内控的架构设计和流程设计，将学院内控建设作为学校内控建设的重要组成部分。
(四)完善绩效考核机制
首先是学校财务部门层面对二级学院的财务管理情况、预算编制及执行情况、自筹经费能力、资金使用效益等进行绩效考核，其次是学校职能部门对学院科研成果、人才培养、服务社会、事业发展目标完成情况进行考核，最后是学院内部对这些具体的工作内容进行考核，从学校到学院都应严格执行绩效考核机制，确保学院事业发展的积极性和责任心。
综上所述，我们不难发现在当前高校大力推进高等教育改革的大好形势下，促进和完善对高校二级财务管理体系的构建可以有效帮助和促进高校院系财务管理的制度建设，帮助院系能够更好地处理自身的财务活动从而有效减少高校统一的财务管理负担，帮助高校能够更好地处理好后勤问题，保障对学生的教育投入和对学术的科技研究没有后顾之忧，从而推动高校教育事业的整体发展。